Logiciel pour expert-comptable : comment faire le bon choix ?

De plus en plus d’entrepreneurs, de freelances, de TPE et de cabinets d’expertise comptable recherchent des logiciels pour experts-comptables performants et adaptés aux législations françaises. Entre obligations fiscales (TVA, facturation électronique, liasse fiscale), gestion de la paie, déclarations sociales ou encore la comptabilité rigoureuse, le risque d’erreur est élevé. Mais comment s’y retrouver parmi toutes ces solutions ? Quelles sont les fonctionnalités essentielles ? Besoin d’un comparatif des logiciels de comptabilité d’experts-comptables ? Dans cet article, Indy vous dit tout !

Le saviez-vous ?
Confier sa comptabilité à un expert-comptable n’est pas obligatoire. Optez dès aujourd’hui pour une solution en ligne comme Indy.
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Qu’est-ce qu’un logiciel expert-comptable ?

Définition

À l’origine, un logiciel comptable se contentait de permettre la saisie des écritures, le lettrage et la génération du bilan. Aujourd’hui, un logiciel pour expert-comptable combine plusieurs fonctions :

• Comptabilité générale et analytique ;
• Gestion de la paie ;
• Déclarations fiscales et sociales ;
• Facturation ;
• Rapprochement bancaire ;
• Automatisation ;
• Portail client, etc.

Il ne s’agit plus seulement de « faire la compta » mais de digitaliser et industrialiser tout le suivi financier et administratif de l’entreprise.

Une plateforme collaborative et automatisée

Les solutions modernes proposent la synchronisation automatique des relevés bancaires, la reconnaissance des factures via OCR, la génération automatique des écritures, le rapprochement bancaire, et parfois même des modules « prévisionnels » ou de trésorerie.

Pour un cabinet suivi de nombreux dossiers, l’automatisation est essentielle pour réduire le temps passé sur les tâches répétitives, tout en minimisant les risques d’erreurs.

Quelles sont les fonctionnalités indispensables pour garantir une comptabilité conforme?

Face à la pression réglementaire croissante, notamment en matière de lutte contre la fraude fiscale, le choix d’un logiciel pour expert-comptable doit impérativement intégrer des outils de sécurisation et de conformité.

Comment le logiciel assure-t-il la lutte contre la fraude ?

La fiabilité des données est cruciale. Les solutions récentes intègrent des mécanismes de contrôle fiables pour s’assurer de la bonne application de la loi.

L’importance du logiciel d’anti-fraude de TVA

La taxe sur la valeur ajoutée est l’une des zones les plus surveillées par l’administration fiscale. Un logiciel d’anti-fraude de TVA performant se caractérise par plusieurs fonctions clés, comme :

• Le contrôle croisé des données : il compare les montants de TVA déclarés (CA3) avec les écritures comptables détaillées, identifiant toute incohérence ou anomalie dans les taux appliqués ;
• La vérification de la validité des numéros de TVA : l’outil vérifie en temps réel l’existence et la validité des numéros de TVA intracommunautaires pour sécuriser les déclarations d’échanges de biens et de services ;
• La piste d’audit fiable (PAF) : le logiciel doit garantir la traçabilité complète de chaque transaction, de la facture initiale à son enregistrement dans les comptes, élément désormais exigé par la législation.

La gestion rigoureuse de la facture électronique (E-invoicing)

À partir de 2026, toutes les entreprises devront être capables de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée ou PA comme Indy (anciennement appelée plateforme de dématérialisation partenaire). Le logiciel pour expert-comptable doit donc être compatible avec ce nouveau format de facture (Factur-X, UBL, etc.) et capable d’automatiser l’extraction des données de e-reporting, simplifiant ainsi les obligations déclaratives des clients.

Les solutions pour une gestion sociale irréprochable

Le volet social est souvent le plus chronophage et le plus risqué en cas d’erreur. C’est pourquoi l’intégration d’un module social puissant est un critère de choix majeur.

Un logiciel de fiche de paie à jour

Un logiciel de fiche de paie intégré permet de centraliser la comptabilité et la gestion du personnel. Il doit impérativement :

• Gérer automatiquement les spécificités des différentes conventions collectives ;
• Calculer les cotisations sociales et les prélèvements à la source (PAS) selon les dernières lois en vigueur ;
• Produire la Déclaration sociale nominative (DSN) de manière fiable et dans les délais.

Quels sont les critères clés pour choisir un logiciel comptable ?

Les fonctionnalités et le périmètre fonctionnel

De la comptabilité de base à la comptabilité analytique

Selon la structure de l’entreprise (micro, TPE, PME, multi-sociétés), il sera nécessaire de choisir un logiciel capable de gérer soit une comptabilité simple, soit une comptabilité analytique ou budgétaire, avec bilans, comptes de résultat, SIG, états financiers personnalisables etc.

L’automatisation, la synchronisation et l’import de données

Le gain de temps vient largement de l’automatisation :

• L’import des relevés bancaires ;
• La génération automatique des écritures (TVA, amortissements, paie) ;
• La reconnaissance des factures via OCR ;
• Le lettrage automatique, etc.

La collaboration et le portail client

Quand le logiciel est utilisé dans un cabinet ou pour plusieurs entités, la possibilité de donner un accès client, centraliser les pièces, permettre la télétransmission, le dépôt de justificatifs, la validation des documents en ligne, est un vrai plus.

La sécurité, l’archivage et la conformité

Traçabilité des justificatifs, sauvegardes, gestion des droits utilisateurs, chiffrement, conformité aux normes (export FEC, liasse fiscale, export pour liasse, etc.) doivent être assurés.

Ces aspects sont essentiels pour garantir la pérennité du dossier, la conformité légale et éviter tout risque en cas de contrôle.

Adaptation au profil de l’utilisateur

Un micro-entrepreneur ou un freelance n’a pas les mêmes besoins qu’un cabinet d’expertise comptable. Si l’enjeu pour un indépendant est la simplicité, la rapidité et un coût maîtrisé, un cabinet aura besoin d’un outil robuste, multi-dossiers, collaboratif, sécurisé et automatisé. Il n’existe donc pas de solution universelle.

Comparatif de logiciels pour expert-comptables en 2025

Exemples de logiciels et positionnements

Pour les cabinets et les multi-dossiers

Comme évoqué précédemment, la suite ISACOMPTA et AMICOMPTA de l’éditeur AGIRIS permet l’automatisation, la synchronisation bancaire, la saisie intelligente, les portails clients, la gestion analytique, la trésorerie, ou encore la gestion de plusieurs sociétés.

➡️ Idéale pour les cabinets d’expertise comptable ou les petites moyennes entreprises (PME) avec des besoins complexes.

Pour les TPE / PME / petites structures

L’outil Wavesoft Comptabilité fournit la comptabilité générale, analytique, gestion clients/fournisseurs, lettrage, rapprochement bancaire mais aussi les bilans, etc.

➡️ C’est un bon compromis pour des entreprises avec des besoins structurés mais raisonnables ne nécessitant pas un ERP complet.

Pour les indépendants et micro-entrepreneurs

Grâce à sa simplicité d’utilisation, sa tarification compétitive, la télédéclaration automatique (TVA, 2035, URSSAF, etc.), et une application mobile performante, Indy est le choix le plus prisé des indépendants et micro-entrepreneurs.

En plus de la gestion de la comptabilité, Indy est une plateforme agréée (ex PDP) pour la facturation électronique, elle permet la création d’entreprise et propose même un compte pro.

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À quelles exigences légales doivent répondre les logiciels comptables ?

Conformité fiscale et réglementaire

Avec la montée des obligations en matière de facturation électronique, télédéclaration, liasse fiscale ou encore TVA, un bon logiciel expert-comptable doit permettre automatiquement de :

• Produire et transmettre les déclarations ;
• Générer des bilans et états financiers conformes ;
• Garantir l’archivage des justificatifs.

Sécurité des données, traçabilité et pérennité

Pour un cabinet ou une PME, les données comptables représentent un réel patrimoine. Un logiciel moderne doit offrir un archivage légal fiable, des droits d’accès multi-utilisateurs, un chiffrement des données mais aussi des sauvegardes automatiques.

Ces garanties sont indispensables pour la sécurité, la conformité, mais aussi pour la confiance entre le client et le cabinet d’experts-comptables.

Automatisation et gain de temps

Entre l’import des relevés bancaires, la reconnaissance des factures, la génération des écritures, le lettrage automatique, l’édition des bilans ou des états financiers, l’automatisation permet de gagner un temps précieux, limiter les erreurs, et permettre au cabinet ou à l’entreprise de se concentrer sur des tâches à valeur ajoutée (contrôle, conseil, pilotage…).

👨🏼‍💼 Besoin de plus d’informations sur le métier d’expert-comptable ? Rendez-vous sur le site de l’Ordre des experts-comptables en cliquant sur ce lien.

Quel logiciel choisir selon le profil ?

Micro-entrepreneurs, freelances, indépendants

Pour ces profils, la simplicité, le coût et la rapidité d’installation et de prise en main sont prioritaires. Un logiciel intuitif, avec peu de fonctionnalités complexes, mais suffisant pour gérer la facturation, la TVA, les obligations fiscales de base, et éventuellement une fonction de paie si besoin.

Dans ce cas, Indy est très pertinent.

TPE / PME avec des besoins comptables modérés à intermédiaires

Si l’entreprise a quelques salariés, une paie simple, de la facturation, un suivi de trésorerie, mais n’a pas de gros volumes d’écritures, un logiciel comme Wavesoft Comptabilité peut convenir : il offre un bon équilibre entre fonctionnalités, coût et simplicité.

Cabinets d’expertise comptable ou entreprises multi-sociétés / multi-dossiers

Pour un cabinet d’expertise comptable ou une structure avec plusieurs entités, des besoins analytiques, un volume d’écritures important, des clients variés, l’automatisation, la synchronisation bancaire et la gestion multi-dossiers sont indispensables.

Dans ce cas, les outils ISACOMPTA ou AMICOMPTA de l’éditeur AGIRIS ou des solutions comparables sont préférables.

Structures sensibilisées à l’open source ou au sur-mesure

Si l’objectif est de garder un maximum de souplesse, de personnalisation ou de rester sur des budgets réduits, des solutions open source comme Noalyss peuvent représenter une option intéressante (à condition d’avoir quelqu’un capable d’assurer l’installation et la maintenance du logiciel).

Vous avez des questions sur les logiciels d’experts-comptables ? 💬 Laissez-nous votre question dans l’espace commentaires ci-dessous, nous vous répondrons avec plaisir !