Facturation électronique et notes de frais : les évolutions prévues en 2026

À partir du 1er septembre 2026, la réforme de la facturation électronique va profondément modifier la gestion des flux financiers des entreprises. Pour comprendre les implications concrètes, il est essentiel de maîtriser les différents cas d’usage, notamment ceux liés aux notes de frais. L’enjeu est simple : déterminer si une dépense relève de l’e-invoicing ou du e-reporting. Cette distinction impacte directement vos obligations, votre organisation comptable et la récupération de la TVA. Dans cet article, on vous explique tout ce que vous devez savoir sur les notes de frais et la facturation électronique !

Note de frais et facturation électronique : de quoi parle-t-on exactement ?

Qu’est-ce qu’une note de frais ?

Une note de frais correspond à une dépense professionnelle engagée par un salarié, un dirigeant ou un indépendant pour le compte de son activité, puis remboursée par l’entreprise.

Les cas les plus fréquents incluent :

• Un déjeuner avec un client ;
• Un billet de train pour un déplacement ;
• Une nuit d’hôtel lors d’une mission ;
• Des frais de taxi ou d’essence ;
• Les indemnités kilométriques.

En pratique, la note de frais repose sur un schéma en trois temps :

1. Le collaborateur avance la dépense ;
2. Il transmet un justificatif ;
3. L’entreprise procède au remboursement.

Ce fonctionnement introduit une particularité essentielle en matière de note de frais et facturation électronique : le payeur, le bénéficiaire et le destinataire de la facture ne sont pas toujours la même personne. Cette dissociation rend le traitement plus complexe dans le cadre de la réforme.

Qu’est-ce que la facturation électronique ?

La facturation électronique désigne l’obligation d’émettre, de transmettre et de recevoir des factures sous un format structuré, via une plateforme agréée par l’administration fiscale.

Concrètement, les factures ne circulent plus sous forme de PDF libre. Elles sont émises dans des formats normés (comme Factur-X, CII ou UBL), ce qui permet une lecture automatisée par les logiciels.

La facturation électronique s’applique progressivement à toutes les entreprises assujetties à la TVA en France. Son fonctionnement repose sur deux mécanismes complémentaires :

• L’e-invoicing (ou e-facturation) : pour les factures entre entreprises françaises (B2B) ;
• Le e-reporting : pour les transactions hors B2B domestique (B2C, international, non assujetti).

Pour la note de frais en facturation électronique, ce changement est structurant. Le justificatif devient une donnée exploitable automatiquement, intégrée dans les flux comptables sans ressaisie.

Les notes de frais sont-elles concernées par la facturation électronique ?

Oui, pleinement. Les notes de frais font partie des cas d’usage spécifiques identifiés par l’administration fiscale (DGFiP), car elles impliquent un tiers payeur : le collaborateur.

Ce que dit la réglementation

Le cadre légal repose sur deux articles du Code général des impôts (CGI) :

• L’article 289 bis, qui encadre l’e-invoicing pour les transactions B2B domestiques ;
• L’article 290, qui définit les obligations de e-reporting.

Ce cadre est complété par la norme AFNOR XP Z12-014. Elle précise plusieurs cas d’usage, notamment lorsque le collaborateur agit comme tiers payeur dans le cadre d’une note de frais et facturation électronique.

La logique est simple :

Si la facture est établie au nom de l’entreprise :

• Il s’agit d’une transaction B2B ;
• La facture doit être émise au format électronique (e-invoicing) ;
• La TVA est, en principe, récupérable

Si la facture est établie au nom du salarié :

• Il s’agit d’une transaction B2C ;
• Elle sort du champ de la facturation électronique ;
• Elle relève du e-reporting du fournisseur ;
• La TVA n’est généralement pas récupérable.

Les situations particulières à connaître

Dans la pratique, plusieurs cas se présentent. Chacun entraîne un traitement différent dans le cadre de la note de frais et facturation électronique.

1. Le salarié paie avec une carte bancaire professionnelle

Le fournisseur identifie directement l’entreprise comme client :

• La facture est établie au nom de l’entreprise ;
• Elle entre dans le champ de l’e-invoicing ;
• Elle est transmise via une plateforme agréée.

Dans ce cas, la note de frais sert uniquement à tracer et valider la dépense en interne.

2. Le salarié avance les frais avec ses fonds, facture au nom de l’entreprise

Le collaborateur agit ici comme tiers payeur :

• La facture est bien établie au nom de l’entreprise ;
• Elle doit être émise en format électronique ;
• L’entreprise peut récupérer la TVA.

Dans cette configuration, la facture peut être intégrée comme déjà réglée dans les flux, ce qui évite tout risque de double paiement entre la facture électronique et la note de frais.

3. Le salarié paie et la facture est établie à son nom

Ici, l’entreprise rembourse la dépense mais sans recevoir de facture électronique structurée. C’est le cas le plus courant (et le plus risqué) :

• La transaction est considérée comme B2C ;
• Elle ne relève pas de l’e-invoicing ;
• Le fournisseur transmet les données en e-reporting ;
• La TVA n’est pas récupérable dans la majorité des situations.

4. Les dépenses à l’étranger

Les opérations réalisées avec des fournisseurs étrangers ne relèvent pas de l’e-invoicing français :

• Elles entrent dans le périmètre du e-reporting ;
• L’entreprise doit intégrer ces données dans ses flux.

Quel format pour les justificatifs de notes de frais à l’ère de l’électronique ?

Avec la réforme de la note de frais et facturation électronique, le justificatif change de nature : il devient une donnée structurée intégrée dans les flux comptables. Cette évolution reflète l’objectif de la réforme : fiabiliser les informations, automatiser les traitements et sécuriser la récupération de TVA.

Ce basculement impose de repenser la manière de collecter, traiter et conserver les justificatifs.

Justificatifs papier vs justificatifs dématérialisés

La gestion des notes de frais a longtemps reposé sur des justificatifs papier (tickets de caisse, factures imprimées, reçus agrafés ou scannés).

Ce modèle a toutefois atteint ses limites : il génère des pertes, des erreurs de saisie et des délais de traitement.

Avec la facturation électronique, un nouveau standard s’impose :

• Les justificatifs deviennent électroniques et structurés : les factures sont émises dans des formats normés (Factur-X, CII, UBL) et sont transmises automatiquement via des plateformes agréées ;
• Les données sont directement exploitables : les logiciels peuvent lire, intégrer et comptabiliser les informations sans ressaisie ;
• Le rôle du justificatif évolue : il alimente un flux de données fiscal et comptable.

Pour la note de frais avec la facturation électronique, deux situations coexistent :

• Facture au nom de l’entreprise : réception automatique via e-invoicing ;
• Justificatif au nom du salarié : document à numériser et intégrer dans l’outil, en lien avec le e-reporting.

Même dans ce second cas, la dématérialisation reste indispensable pour assurer un suivi fiable.

Archivage et conservation des notes de frais

La réforme renforce les exigences en matière de conservation des justificatifs. Les règles restent globalement inchangées sur le fond :

• Conservation pendant 10 ans ;
• Obligation de garantir l’authenticité, l’intégrité et la lisibilité des documents.

En revanche, les modalités évoluent fortement :

• Archivage électronique sécurisé : les documents doivent être stockés dans un système fiable, avec des garanties techniques (horodatage, traçabilité, accès sécurisé) ;
• Centralisation des justificatifs : les notes de frais et les factures électroniques doivent être regroupées dans un même environnement pour éviter les écarts ;
• Interopérabilité avec les outils comptables : les justificatifs doivent pouvoir être reliés aux écritures comptables et aux flux de facturation.

Risques et erreurs fréquentes à éviter

Demander une facture au mauvais nom

C’est l’erreur la plus fréquente (et la plus pénalisante !) Un salarié règle une dépense et oublie de demander une facture au nom de l’entreprise. La transaction devient alors une opération B2C.

Deux conséquences directes :

• Impossibilité de récupérer la TVA dans la majorité des cas ;
• Absence de facture électronique intégrée dans les flux.

Confondre e-invoicing et e-reporting

Les deux notions sont souvent mal comprises. Une dépense peut sembler “professionnelle” tout en relevant du e-reporting si la facture est au nom du salarié. C’est pourquoi il faut raisonner à partir du justificatif et jamais à partir de la nature de la dépense.

Cela pourrait entraîner une mauvaise qualification de l’opération et des erreurs dans les obligations déclaratives.

Générer des doublons entre facture et note de frais

Avec la dématérialisation, un même flux peut apparaître deux fois :

• Une facture reçue via la plateforme de facturation électronique;
• Une note de frais saisie par le salarié.

Sans contrôle, l’entreprise risque un double remboursement ou une double comptabilisation.

Utiliser des outils non compatibles avec la réforme

Certains outils actuels ne permettent pas de traiter les formats électroniques (Factur-X, CII, UBL) ni de gérer les flux e-reporting.

Conséquences :

• Perte de données ;
• Retraitements manuels ;
• Risque de non-conformité.

Sous-estimer la formation des équipes

La réforme modifie les habitudes quotidiennes :

• Demander une facture au bon nom ;
• Transmettre les justificatifs immédiatement ;
• Utiliser de nouveaux outils.

Vous pouvez, par exemple, mettre à disposition de vos équipes une FAQ facturation électronique claire et opérationnelle, afin de sécuriser les pratiques dès les premiers usages.

Cette évolution suppose plus globalement de revoir les circuits internes de validation et de remboursement !

Vous avez des questions sur les notes de frais et la facturation électronique ? Laissez-nous un commentaire, l’équipe sera ravie de vous aider 🤗