Si vous exercez le métier de naturopathe, vous consacrez vos journées à rétablir l’harmonie entre le corps et l’esprit de vos clients. Mais quand il s’agit de tenir votre comptabilité, cette harmonie a parfois tendance à disparaître ! Entre factures, déclarations et obligations administratives, difficile de rester zen face aux chiffres. Rassurez-vous : la gestion comptable peut, elle aussi, devenir une pratique fluide et naturelle, notamment grâce à la comptabilité en ligne qui offre des solutions simples et intuitives. Dans cet article, nous allons vous expliquer pas à pas comment mettre en place une comptabilité claire, simple et conforme à votre activité. 🌺

📝 En résumé :
- Un naturopathe en libéral peut exercer sous différents statuts : soit en entreprise individuelle (régime micro-BNC ou déclaration contrôlée), soit en société (SASU, EURL…) ;
- Les obligations comptables varient selon le statut choisi : elles sont simplifiées en micro-entreprise et plus complexes en entreprise individuelle au réel ou en société ;
- En principe, le naturopathe est redevable de la TVA, sauf exceptions ;
- Opter pour une solution de comptabilité comme Indy permet d’automatiser la saisie comptable, de suivre la trésorerie en temps réel et de préparer facilement les documents comptables et déclarations fiscales.
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Avec la solution en ligne Indy, la gestion comptable de votre activité devient un véritable jeu d’enfant ! Gagnez du temps sur la gestion du cabinet, générez vos documents comptables facilement et respectez toutes vos obligations fiscales en quelques clics seulement ! 🌿
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Zoom sur le métier de naturopathe
Qu’est-ce qu’un naturopathe ?
Le naturopathe est un praticien de santé naturelle qui aide chaque individu à retrouver un équilibre global (physique, mental et émotionnel). Contrairement à la médecine conventionnelle, il ne traite pas seulement les symptômes mais cherche à identifier les causes profondes des déséquilibres.
La naturopathie est une médecine naturelle qui considère le corps comme un tout. Selon l’OMS, l’Organisation Mondiale de la Santé (site officiel), elle regroupe des méthodes naturelles et personnalisées qui favorisent l’équilibre, la vitalité et renforcent les défenses naturelles de l’organisme. Lors d’une consultation, le professionnel de santé :
- Évalue la santé globale du client ;
- Élabore un programme de rééquilibrage personnalisé et assure un suivi régulier de sa mise en œuvre ;
- Conseille sur l’alimentation, le sommeil et la gestion du stress ;
- Recommande des thérapies naturelles (phytothérapie, aromathérapie, respiration, etc.) ;
- Enseigne les bonnes pratiques pour prévenir les déséquilibres.
Comment devenir naturopathe ?
En France, la profession de naturopathe n’est pas réglementée, ce qui signifie qu’aucun diplôme d’État n’est obligatoire pour exercer. Cependant, suivre une formation sérieuse et reconnue est essentiel si vous souhaitez acquérir les compétences nécessaires et inspirer confiance à vos futurs clients.
Une formation en naturopathie (en présentiel ou en distanciel) dure généralement entre 2 et 4 ans, pour un total d’environ 1 200 à 1 500 heures de cours. Les formations sont proposées par des écoles privées ou des universités spécialisées et incluent généralement :
- Les bases scientifiques (anatomie, physiologie, biologie) ;
- Les principes de l’hygiène de vie et de la nutrition ;
- L’approche psycho-émotionnelle et la relation d’aide ;
- La méthodologie du bilan de vitalité ;
- L’éthique et la déontologie professionnelle.
Pour choisir une formation, il est primordial de privilégier celles reconnues par la FENA, l’OMNES ou l’AFNAT. Ces organismes garantissent un enseignement conforme aux standards du métier.
Comment exercer le métier de naturopathe ?
En tant que naturopathe, plusieurs statuts juridiques s’offrent à vous selon votre mode d’exercice.
👉 Si vous exercez seul (le cas le plus fréquent) vous pouvez opter pour :
- L’entreprise individuelle, avec la possibilité de bénéficier du régime de la micro-entreprise tant que vous respectez les plafonds de chiffre d’affaires (CA) en vigueur ;
- La SASU ou l’EURL, qui sont les versions unipersonnelles de la SAS et de la SARL, offrant une structure plus complète et une meilleure protection juridique.
👉 Si vous préférez exercer à plusieurs, la création d’une SAS ou d’une SARL, selon le niveau de souplesse et de cadre que vous souhaitez pour votre activité, semble plus adaptée.
Pour vous accompagner dans le lancement de votre activité, plusieurs aides sont disponibles via France Travail (anciennement Pôle emploi) comme l’ARCE, l’ACRE ou le maintien de l’ARE. Les dispositifs proposés par France Travail peuvent vous offrir un soutien financier et un accompagnement pour sécuriser vos débuts.

Quelles sont les obligations comptables d’un naturopathe ?
Les obligations comptables varient en fonction de la nature de l’activité, du statut juridique choisi et de la catégorie de revenus (BIC ou BNC). En tant que naturopathe, vos revenus sont imposés dans la catégorie des BNC, c’est-à-dire des Bénéfices Non Commerciaux.
Les obligations communes à tous les statuts juridiques
Quel que soit le statut juridique choisi (micro-entreprise, entreprise individuelle, EURL, SASU…), les naturopathes doivent respecter certaines obligations de base pour exercer en toute légalité et assurer une gestion de leur activité conforme aux exigences en vigueur.
✅ Établir des factures conformes
Tout d’abord, chaque prestation de naturopathie réalisée doit donner lieu à l’émission d’une facture ou d’une note d’honoraires conforme aux règles en vigueur. Ces factures doivent comporter un certain nombre de mentions obligatoires dont :
- La date d’émission et un numéro unique de facture ;
- L’identité du naturopathe (nom, adresse, numéro SIRET) et celle du client ;
- La description détaillée de la prestation (type de consultation, durée, technique utilisée…) ;
- Le prix HT et TTC ainsi que la TVA le cas échéant.
Attention ! Si vous êtes en franchise en base de TVA (souvent le cas pour les débutants), la facture doit mentionner : « TVA non applicable, article 293 B du Code général des impôts ».
🧾 Conserver les documents comptables et justificatifs
En tant que naturopathe, vous avez également l’obligation de conserver l’ensemble de vos documents comptables et justificatifs pendant 10 ans à partir de la clôture de l’exercice. Cela inclut par exemple :
- Les factures émises et reçues ;
- Les relevés bancaires et pièces justificatives de dépenses ;
- Les contrats avec les clients et partenaires ;
- Les accords avec les fournisseurs ;
- Les déclarations fiscales et sociales ;
- Les documents comptables (livre des recettes, Grand livre…).
Ces documents peuvent être demandés lors d’un contrôle fiscal ou pour vérifier la cohérence de votre comptabilité.
💰 S’acquitter de la Cotisation Foncière des Entreprises (CFE)
Enfin, comme toute activité libérale, vous êtes soumis à la CFE. Le montant dépend :
- De la valeur locative de votre cabinet ou de votre espace dédié si vous en possédez un ;
- D’une base forfaitaire minimale si vous n’avez pas de local ou si sa valeur est faible.
Cas d’exonération possibles : si votre CA hors taxes de l’année N‑2 (deux années avant l’année d’imposition) est inférieur à 5 000 €, vous êtes dispensé du paiement de la cotisation minimale. Vous bénéficiez également d’une exonération automatique la première année d’activité.
Les obligations comptables d’un naturopathe en entreprise individuelle (EI)
Lors de la création d’entreprise sous le statut d’EI, les naturopathes ont le choix entre le régime micro-BNC et le régime de la déclaration contrôlée. Quelle que soit l’option sélectionnée, il est important de rappeler que l’ouverture d’un compte bancaire dédié à l’activité professionnelle devient obligatoire dès lors que le chiffre d’affaires dépasse 10 000 € sur deux années consécutives.
Au régime micro
La micro-entreprise est une forme simplifiée de l’entreprise individuelle, idéale pour démarrer une activité sans contrainte administrative majeure. Ce statut convient parfaitement aux professionnels de santé dont le CA annuel ne dépasse pas 77 700 €.
Les obligations comptables sont allégées par rapport à une entreprise individuelle classique. Le naturopathe doit simplement :
- Tenir un livre des recettes, en y inscrivant chronologiquement tous les encaissements, avec un total à établir tous les trois mois ;
- Déclarer son chiffre d’affaires chaque mois ou trimestre à l’URSSAF qui calcule les cotisations sociales dues selon un taux spécifique ;
- S’acquitter de l’impôt sur le revenu. Celui-ci est calculé sur le CA après un abattement forfaitaire de 34 % pour frais professionnels. Le micro-entrepreneur peut toutefois opter pour le versement libératoire de l’impôt sur le revenu qui permet de payer l’impôt progressivement, en même temps que les cotisations sociales, via un taux unique appliqué au CA ;
- Reporter son chiffre d’affaires annuel sur la déclaration complémentaire de revenus (formulaire 2042-C-PRO).
Bon à savoir : en micro-entreprise, les dépenses professionnelles (loyer, assurances, matériel, déplacements, etc.) ne peuvent pas être déduites. L’abattement forfaitaire de 34 % tient lieu de compensation.
Au régime de la déclaration contrôlée
Votre chiffre d’affaires dépasse 77 700 € ? Pas de panique ! Vous basculez simplement vers le régime de la déclaration contrôlée.
En tant qu’entrepreneur individuel, vous devez :
- Tenir une comptabilité plus détaillée, comprenant :
- Un livre-journal retraçant chronologiquement toutes les recettes et dépenses ;
- Un Grand livre qui regroupe les écritures par compte comptable ;
- Un registre des immobilisations et des amortissements pour suivre le matériel et les biens durables utilisés dans votre activité.
- Déclarer vos revenus une fois par an via le formulaire 2042-C-PRO ;
- Déposer la déclaration n°2035 qui récapitule vos recettes, charges déductibles et résultat imposable.
Les vrais ➕ de ce régime ? Vous n’êtes soumis à aucun plafond de CA, ce qui favorise le développement de votre activité. Vous pouvez déduire l’intégralité de vos charges professionnelles réelles et vous n’êtes pas tenu d’établir de comptes annuels, ni d’effectuer d’inventaire physique en fin d’exercice.
Les obligations comptables d’un naturopathe en société (SARL, EURL)
Si vous décidez de vous lancer en EURL ou en SASU, vous créez une véritable entité juridique indépendante. Ce n’est plus vous, en tant que personne physique, qui exercez directement l’activité, mais une société dotée de sa propre existence légale, avec ses propres règles et obligations comptables. La gestion comptable devient donc plus complexe qu’en entreprise individuelle car la comptabilité doit refléter fidèlement la vie de la société.
Le régime réel simplifié
Tant que votre chiffre d’affaires ne dépasse pas 254 000 €, votre société relève du régime réel simplifié.
Vos obligations ?
- Tenir les livres comptables obligatoires : le livre-journal et le Grand livre, retraçant toutes les opérations comptables ;
- Établir des comptes annuels simplifiés (bilan, compte de résultat et annexes) à la clôture de l’exercice ;
- Réaliser un inventaire annuel simplifié, souvent basé sur une méthode forfaitaire adaptée aux petites structures ;
- Remplir les déclarations fiscales correspondantes :
- Si votre société est soumise à l’impôt sur le revenu (IR), vous devez déposer la déclaration n°2035 et reporter le résultat sur la déclaration complémentaire n°2042-C-PRO ;
- Si elle relève de l’impôt sur les sociétés (IS), vous devez établir la déclaration n°2065 et ses annexes 2033, propres au régime réel simplifié.
Le régime réel normal
Au-delà de 254 000 € de CA, votre société passe automatiquement au régime réel normal. Ce régime implique une comptabilité plus rigoureuse et plus détaillée.
Vous devez alors :
- Tenir une comptabilité complète et exhaustive, enregistrant l’ensemble des opérations comptables de la société ;
- Établir une liasse fiscale complète chaque année, comprenant la déclaration de résultat, les comptes annuels détaillés (bilan, compte de résultat, annexes) et toutes les pièces justificatives ;
- Effectuer un inventaire annuel complet pour valoriser les stocks et immobilisations de manière précise ;
- Déposer les déclarations fiscales adaptées :
- Pour une société à l’IR, il s’agit toujours de la déclaration n°2035 accompagnée de la 2042-C-PRO ;
- Pour une société à l’IS, vous devez remplir la déclaration n°2065 ainsi que les annexes 2050 à 2059, correspondant au régime réel normal.
En société, l’ouverture d’un compte bancaire professionnel est obligatoire dès la création. Bonne nouvelle 🎉 : chez Indy, un compte pro gratuit est proposé, incluant même le dépôt du capital social !

Naturopathe et TVA : quelles sont les règles à respecter ?
La naturopathie n’étant pas reconnue comme une profession médicale réglementée en France, les services proposés par les naturopathes ne sont donc en principe pas exonérés de TVA. Mais alors, quels sont les différents régimes de TVA disponibles ?
1- La franchise en base de TVA
Tant que votre CA est inférieur à 37 500 €, vous bénéficiez de la franchise en base de TVA. Cela signifie que vous ne facturez pas de TVA à vos clients et que vous ne pouvez pas la récupérer sur vos achats. Vos factures doivent obligatoirement comporter la mention : « TVA non applicable, article 293 B du CGI ».
Votre CA dépasse ce seuil ? Dans ce cas, vous devenez redevable de la TVA et passez au régime réel !
2- Le régime réel simplifié de TVA
Le régime réel simplifié de TVA s’applique lorsque votre CA dépasse le seuil de franchise en base mais reste inférieur à 254 000 €. L’avantage de ce régime est qu’il reste relativement simple à gérer : vous devez remplir une déclaration annuelle de TVA, appelée formulaire CA12, et verser deux acomptes dans l’année, en juillet et en décembre, qui seront régularisés lors de la déclaration finale.
3- Le régime réel normal de TVA
Lorsque votre CA dépasse le seuil du régime simplifié, vous basculez automatiquement au régime réel normal de TVA. Dans ce cas, les déclarations et le paiement de la taxe deviennent plus fréquents, se faisant chaque mois ou chaque trimestre via le formulaire CA3.
Comment gérer sa comptabilité en tant que naturopathe ?
Pour ne plus vous prendre la tête avec la comptabilité et éviter les erreurs qui coûtent cher, rien de mieux qu’un logiciel de comptabilité en ligne pensé pour les indépendants, comme Indy !
Avec Indy, tout est simple et automatisé :
- Vos écritures comptables sont saisies automatiquement ;
- Vous avez accès au suivi de votre trésorerie en temps réel grâce à des tableaux de bord à la fois clairs et intuitifs ;
- Vous préparez facilement vos documents comptables du livre-journal au bilan comptable ;
- Vous effectuez vos déclarations fiscales en quelques clics (déclarations de TVA, liasse fiscale, etc.) ;
- Vous pouvez ouvrir un compte pro 100 % gratuit pour y déposer votre capital social ;
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