Facture électronique : ce que votre expert-comptable ne fera pas à votre place

La réforme de la facturation électronique arrive à grands pas et de nombreux indépendants se demandent si leur expert-comptable prendra en charge cette transition. En réalité, son accompagnement peut être utile, mais la conformité de votre facturation reste avant tout de votre responsabilité. Avec une mise en place progressive prévue entre 2026 et 2027, mieux vaut anticiper dès maintenant pour éviter d’être pris au dépourvu. 

Ce que change vraiment la réforme pour les indépendants et les TPE

Une facture électronique, qu’est-ce que c’est ? 

Dans le cadre de la réforme, une facture électronique (ou e-facture) est une facture créée, transmise et conservée sous forme dématérialisée, qui comporte nécessairement un socle de données structurées. C’est ce socle qui la distingue d’un PDF ordinaire ou d’une facture papier scannée : les données doivent être lisibles automatiquement par les systèmes informatiques, dans l’un des trois formats reconnus par l’administration : Factur-X, UBL ou CII.

La facture doit par ailleurs garantir l’authenticité de son émetteur, l’intégrité de son contenu et sa lisibilité. Enfin, elle transite obligatoirement par une plateforme agréée immatriculée par la DGFiP, et sert également à transmettre certaines données fiscales à l’administration. 

Qui est concerné ?

La réforme s’applique à toutes les entreprises établies en France et assujetties à la TVA, quelle que soit leur taille ou leur forme juridique : sociétés (SAS, SARL, EURL…), entreprises individuelles, professions libérales, auto-entrepreneurs. Elle couvre uniquement les transactions BtoB, c’est-à-dire les échanges entre professionnels. Les ventes à des particuliers ne donnent pas lieu à une facture électronique mais déclenchent une obligation de e-reporting.

E-invoicing et e-reporting : la distinction à connaître

La réforme repose sur deux piliers complémentaires.

• Le e-invoicing désigne l’échange de factures électroniques entre entreprises françaises assujetties à la TVA, via une plateforme agréée (anciennement nommée plateforme de dématérialisation partenaire) ;
• Le e-reporting correspond à la transmission de données de transaction à l’administration fiscale pour les opérations qui ne passent pas par une facture électronique classique : ventes à des particuliers, à des clients étrangers ou à des structures exonérées. Dans ces cas, vous continuez à envoyer votre facture normalement, mais vous devez en déclarer les données via votre plateforme agréée.

Le calendrier : deux échéances à retenir

À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent pouvoir recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée. Les grandes entreprises et les ETI ont également l’obligation d’émettre à cette date. Pour les TPE, PME et micro-entrepreneurs, l’obligation d’émission ne démarre qu’au 1er septembre 2027. Mais attention : le délai ne concerne que l’émission. La réception, elle, est obligatoire pour tout le monde dès 2026, ce qui implique de choisir une plateforme agréée avant cette échéance. 

Ce que l’expert-comptable peut (et ne peut pas) faire pour vous

Son rôle réel dans la transition

Un expert-comptable peut vous aider à comprendre les implications de la réforme, vous conseiller sur le choix d’une plateforme agréée et vérifier que votre organisation est bien conforme. Il a un rôle de conseil, utile notamment si vous avez des flux de facturation complexes ou des questions sur le traitement TVA de vos opérations.

L’administration fiscale elle-même cite les experts-comptables parmi les acteurs qui peuvent accompagner les entreprises dans cette transition, aux côtés des éditeurs de logiciels et des fédérations professionnelles.

Ce qu’il ne fait pas à votre place

L’expert-comptable n’émet pas vos factures au quotidien. Il ne choisit pas votre plateforme agréée à votre place, ne configure pas votre logiciel et ne surveille pas en temps réel le statut de vos factures envoyées et reçues. Ces tâches restent entièrement à votre charge, ou à celle de l’outil que vous utilisez.

Avoir un comptable ne dispense donc pas de se doter d’un logiciel conforme à la réforme. Les deux sujets sont indépendants : votre comptable gère votre bilan et vos déclarations fiscales, tandis que votre outil de facturation gère vos flux quotidiens.

Pour les indépendants sans comptable : l’autonomie reste possible

En France, une grande partie des indépendants gèrent déjà leur comptabilité sans cabinet. La réforme ne change pas cette réalité. Ce dont vous avez besoin, c’est d’un logiciel compatible avec la réforme qui prend en charge les obligations à votre place : formatage, transmission à la plateforme agréée, archivage et e-reporting.

Se mettre en conformité : par où commencer ?

Désigner une plateforme agréée avant septembre 2026

Toute entreprise doit passer par une plateforme agréée (PA) immatriculée par la DGFiP pour émettre et recevoir ses factures électroniques. C’est la première décision concrète à prendre : choisir sa plateforme et s’y inscrire avant l’échéance de réception obligatoire en septembre 2026. La liste des plateformes immatriculées est consultable directement sur impots.gouv.fr.

Certains logiciels de facturation intègrent directement une plateforme agréée. Dans ce cas, vous n’avez pas de démarche supplémentaire : votre outil gère à la fois la création des factures au bon format, leur transmission et la réception des factures entrantes.

Vérifier que votre logiciel est compatible

Un logiciel compatible avec la réforme doit générer des factures dans l’un des formats structurés reconnus par l’administration (Factur-X, UBL ou CII), les transmettre via une plateforme agréée et assurer le e-reporting pour vos opérations BtoC ou avec des clients étrangers. Si votre outil actuel ne fait que produire des PDF, vous devrez en changer avant septembre 2027 au plus tard. 

Pourquoi des indépendants choisissent Indy plutôt qu’un expert-comptable ? 

Conforme à la réforme sans rien avoir à configurer

Indy est d’ores et déjà immatriculé plateforme agréée par la DGFiP. Concrètement, vous pouvez dès aujourd’hui recevoir des factures électroniques au bon format depuis votre espace Indy, et vous serez en mesure d’en émettre dans les délais imposés par la réforme, sans avoir à changer d’outil ni à vous inscrire sur une plateforme tierce.

Comptabilité et facturation dans le même outil, gratuitement

Bien plus qu’une simple plateforme agréée, Indy réunit le suivi de trésorerie, la gestion de la TVA, l’édition des déclarations fiscales ainsi qu’un compte professionnel intégré, le tout dans un espace unique. Là où le recours à un expert-comptable entraîne souvent des honoraires importants qui s’ajoutent au coût d’un logiciel, Indy regroupe l’ensemble de ces besoins dans une solution tout-en-un. La facturation électronique est comprise sans surcoût dans toutes les offres, y compris l’offre Essentiel. 

Des interrogations au sujet de la facturation électronique ? Notre équipe vous répond dans les commentaires !