Comptabilité d’un e-commerçant : les spécificités à connaître !

L’e-commerce, c’est l’art de vendre en ligne, mais aussi celui de maîtriser les chiffres. Derrière chaque commande validée se cachent des données financières à gérer avec rigueur : TVA internationale, paiements en ligne, gestion des marges, etc. Le métier d’e-commerçant ne se limite pas au marketing et à la logistique : il exige une comptabilité rigoureuse ! Dans cet article, nous vous expliquons tout sur la comptabilité d’un e-commerçant !

En résumé :

• La comptabilité permet à un e-commerçant de suivre son chiffre d’affaires, ses dépenses et de rester en règle fiscalement ;
• En micro-entreprise, les obligations sont légères : un simple livre des recettes, une déclaration URSSAF et le formulaire 2042-C-PRO suffisent ;
• En entreprise individuelle ou en société, la comptabilité se complexifie avec la tenue des livres comptables, la production des comptes annuels et les déclarations de résultats (2031, 2035 ou 2065) ;
• L’e-commerçant doit aussi collecter et déclarer la TVA, via les formulaires CA3 ou CA12, ou les guichets européens OSS/IOSS selon le type de ventes réalisées ;
• L’expert-comptable n’est pas obligatoire : des outils en ligne comme Indy simplifient et automatisent la comptabilité, la TVA et les déclarations fiscales pour une gestion rapide et efficace de votre activité.

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La comptabilité d’un e-commerçant : les obligations à connaître !

Exercer une activité de vente en ligne revient à exercer une activité commerciale à part entière. À ce titre, vous êtes soumis à la tenue d’une comptabilité complète et au dépôt d’une liasse fiscale annuelle. La seule exception concerne le statut de micro-entrepreneur qui bénéficie d’un régime simplifié. Dans ce cas, vous n’êtes pas tenu de respecter les dispositions de l’article L.123-12 du Code de commerce (disponible ici) relatives à la comptabilité commerciale.

Selon la nature de votre activité, vos revenus relèvent soit des BIC (Bénéfices Industriels et Commerciaux), soit des BNC (Bénéfices Non Commerciaux).

Quel que soit votre statut, certaines obligations sont communes à tous : il faut émettre des factures conformes, conserver vos justificatifs pendant au moins 10 ans, ouvrir un compte bancaire dédié à votre activité et payer la Cotisation Foncière des Entreprises (CFE) à partir de la deuxième année d’activité.

Le tableau récapitulatif de la comptabilité d’un e-commerçant

La comptabilité d’un e-commerçant en micro-entreprise

La micro-entreprise est le régime simplifié de l’entreprise individuelle. Il est accessible aux e-commerçants respectant les plafonds de chiffre d’affaires suivants :

Un e-commerçant en micro-entreprise est soumis à des obligations comptables simplifiées incluant :

• Le livre des recettes ;
• La déclaration de chiffre d’affaires à l’URSSAF chaque mois ou chaque trimestre ;
• La déclaration de revenus annuelle 2042-C-PRO.

Vos revenus appartiennent à la catégorie des BIC ? Dans ce cas, vous devez compléter, en plus du livre des recettes, le registre des achats ! Alors que le livre des recettes récapitule les encaissements dans l’ordre chronologique, le registre des achats recense les décaissements.

La comptabilité d’un e-commerçant en entreprise individuelle (EI)

Si votre chiffre d’affaires dépasse les seuils du régime de la micro-entreprise, vous passez automatiquement en entreprise individuelle classique.

Que votre activité relève des BIC ou des BNC, vous devez :

• Tenir un Grand livre et un livre-journal ;
• Et déclarer vos revenus une fois par an via la déclaration 2042-C-PRO.

En BNC, s’ajoute la tenue d’un registre des immobilisations et des amortissements qui permet de suivre vos biens durables et équipements professionnels.

En BIC, les obligations comptables se complexifient : vous devez établir des comptes annuels simplifiés, ce qui comprend le bilan et le compte de résultat.

Ces déclarations récapitulent le chiffre d’affaires hors taxes, les charges déductibles, le résultat fiscal avant et après réintégrations/déductions fiscales et permettent à l’administration de calculer votre impôt sur le revenu. Elles doivent être déposées chaque année, généralement au printemps.

La comptabilité d’un e-commerçant en société

En société, les obligations comptables deviennent plus exigeantes et varient selon le régime choisi (régime réel simplifié ou normal).

Le saviez-vous ? Le régime réel simplifié est réservé aux e-commerçants dont le chiffre d’affaires ne dépasse pas 254 000 € (en BNC) ou 840 000 € (en BIC).

Sous le régime réel simplifié, les e-commerçants doivent tenir rigoureusement leurs comptes et produire certains documents essentiels :

• Les livres comptables (Grand livre et livre-journal) ;
• Les comptes annuels simplifiés ;
• Un inventaire annuel simplifié une fois par an (facultatif si vous êtes en BNC).

Sous le régime réel normal, la comptabilité devient plus complète et détaillée afin de refléter fidèlement la santé financière de l’entreprise. Vous avez notamment :

• Une liasse fiscale à établir chaque année (déclaration de résultat, comptes annuels détaillés, annexes…) ;
• Un inventaire annuel complet à produire une fois par an (facultatif en BNC).

E-commerçant et comptabilité : pourquoi tenir sa comptabilité est essentiel ?

Pour tous les statuts juridiques (micro-entreprise, entreprise individuelle, EURL, SASU, etc.), la tenue d’une comptabilité est obligatoire. Mais au-delà d’être obligatoire, pourquoi tenir sa comptabilité est essentiel ?

1- Se conformer à la loi ⚖️

L’e-commerce étant une activité commerciale à part entière, ses acteurs doivent donc respecter les mêmes obligations comptables que les autres entreprises.

Cette exigence devient encore plus importante pour ceux qui vendent à l’étranger car ils doivent appliquer correctement la TVA et déposer leurs déclarations fiscales dans les délais.

Une comptabilité rigoureuse permet alors d’éviter les erreurs, les retards et les sanctions en cas de contrôle.

2- Garantir la transparence financière 🔎

Chaque entreprise, y compris les boutiques en ligne, doit établir ses comptes annuels à la fin de l’exercice. Ils se composent de 3 documents essentiels :

• Le bilan qui retrace le patrimoine de l’entreprise (stocks, créances, dettes, etc.) ;
• Le compte de résultat qui montre les produits, les charges et le bénéfice ou la perte de l’année ;
• L’annexe qui apporte des précisions sur les méthodes comptables clés utilisées.

Ces derniers offrent une image fidèle de la situation financière de l’activité e-commerce et constituent une preuve de transparence vis-à-vis des administrations, des partenaires et des investisseurs.

3- Mieux gérer la trésorerie et la rentabilité 📈

Une comptabilité structurée donne une vision claire des flux financiers. Elle permet de suivre :

• Les encaissements clients ;
• Les dépenses liées aux achats, à la publicité ou à la logistique ;
• Les délais de paiement et les besoins de trésorerie.

Grâce à ces informations, le chef d’entreprise peut anticiper les périodes de tension, ajuster ses dépenses ou planifier des actions correctives comme renégocier avec les fournisseurs ou lancer des offres promotionnelles.

4- Appuyer les décisions stratégiques 🚀

Enfin, la comptabilité fournit des données comptables précises qui permettent d’identifier les produits les plus rentables, de repérer les postes de dépenses à maîtriser et d’ajuster la stratégie en fonction des résultats observés.

En analysant régulièrement ces chiffres, l’e-commerçant peut orienter son offre, adapter ses prix et investir au bon moment.

Lorsqu’un site e-commerce se développe, le nombre d’opérations à enregistrer augmente très rapidement. Pour éviter les erreurs, il existe le logiciel de comptabilité en ligne Indy ! Grâce à Indy, vous automatisez la saisie des ventes, le suivi de la TVA, la préparation des documents comptables et des déclarations fiscales ! 🤩

Les règles applicables à la TVA en e-commerce

Rappel sur la TVA

La TVA est un impôt indirect sur la consommation. En pratique, le client final la paie mais c’est le vendeur (vous, e-commerçant) qui la collecte pour la reverser ensuite à l’administration fiscale.

Chaque facture doit donc indiquer le prix hors taxes (HT), le taux de TVA appliqué et le prix toutes taxes comprises (TTC).

La TVA sur les ventes e-commerce en France

En France, toute entreprise soumise à la TVA est tenue de collecter la taxe sur ses ventes, avant de la déclarer et la reverser à l’administration fiscale. Le taux applicable dépend du type de produit ou service vendu :

En tant qu’e-commerçant vendant exclusivement en ligne en France, vous êtes soumis aux règles de TVA classiques et devez déclarer vos ventes au moyen des formulaires CA3 ou CA12 selon votre régime déclaratif de TVA.

La TVA sur les ventes dans l’Union européenne (UE)

Depuis le 1er juillet 2021, l’Union européenne a instauré un seuil unique de 10 000 € pour toutes les ventes à distance intracommunautaires. Ce seuil détermine quelle TVA appliquer et dans quel pays la déclarer :

• En dessous de 10 000 € par an : l’e-commerçant doit appliquer la TVA du pays de son entreprise (exemple : TVA française à 20 %) ;
• Au-delà de 10 000 € par an : l’e-commerçant doit appliquer la TVA du pays de son client (par exemple 21 % en Espagne ou 19 % en Allemagne). La déclaration se fait via le guichet unique OSS (One Stop Shop), ce qui évite de devoir s’immatriculer dans chaque pays de l’UE.

Attention ! Si vous détenez un stock dans un autre pays de l’Union européenne que la France, il n’est plus question du seuil de 10 000 €. Dans ce cas, les ventes sont soumises à la TVA du pays destinataire à partir du premier euro.

🔎 Le cas des micro-entrepreneurs :

En France, les petites structures (les micro-entreprises notamment) bénéficient en principe de la franchise en base de TVA. Cela signifie qu’elles ne facturent pas la TVA tant qu’elles ne dépassent pas certains seuils :

Le guichet unique OSS et IOSS

Grâce au guichet unique (OSS/IOSS), vous pouvez déclarer et payer la TVA due sur l’ensemble de vos ventes dans l’Union européenne, en une seule fois directement depuis un portail unique. Pour vous inscrire, c’est très simple : vous devez simplement vous rendre sur votre espace professionnel sur le site impots.gouv.fr.

Deux régimes existent selon votre situation :

• OSS (One Stop Shop) : permet de déclarer et de payer la TVA sur toutes vos ventes à distance réalisées dans l’UE, sans avoir à vous immatriculer dans chaque pays client ;
• IOSS (Import One Stop Shop) : conçu pour les ventes à distance de biens importés depuis un pays tiers (par exemple, un site qui fait du dropshipping depuis la Chine ou les États-Unis). Il simplifie la collecte et le paiement de la TVA sur les produits importés d’une valeur inférieure à 150 €. Au-delà de 150 €, la TVA doit être déclarée dans chaque pays de destination.

La déclaration de TVA se fait trimestriellement pour l’OSS et mensuellement pour l’IOSS.

La TVA sur les ventes hors de l’Union européenne

Les ventes de biens exportés hors de l’Union européenne sont en principe exonérées de TVA, à condition de pouvoir prouver l’exportation (documents de douane, factures, preuves d’expédition).

Cependant, le pays de destination peut appliquer ses propres taxes ou droits de douane. Mieux vaut donc vérifier les règles locales avant de vendre à l’international.

Comment déclarer et payer la TVA en tant qu’e-commerçant ?

Pour déclarer et payer votre TVA en tant qu’e-commerçant, vous devez suivre les étapes suivantes :

1. Collecter la TVA sur chaque vente. Les ventes hors UE peuvent être exonérées mais les justificatifs d’exportation sont obligatoires ;
2. Déclarer la taxe chaque mois ou chaque trimestre selon le régime choisi (OSS ou IOSS). La déclaration s’effectue depuis le portail de l’administration fiscale du pays où vous êtes établi ;
3. Payer la taxe sur le portail fiscal de l’État membre d’identification (par virement, par prélèvement, etc.). L’administration redistribue ensuite les montants aux pays concernés.

L’expert-comptable est-il obligatoire pour un e-commerçant ?

Beaucoup d’e-commerçants pensent à tort qu’ils doivent obligatoirement passer par un expert-comptable pour gérer leur activité. En réalité, la loi n’impose pas le recours à un expert-comptable mais exige une comptabilité conforme aux règles du Code de commerce.

Pourquoi faire appel à un expert-comptable ?

Bien que non obligatoire, l’expert-comptable reste un allié stratégique pour les e-commerçants. En effet, passer par ce professionnel permet de :

1. Gagner du temps et se concentrer sur son cœur de métier : un e-commerçant passe en moyenne 4 à 8 heures par semaine à gérer sa comptabilité. La déléguer à un professionnel spécialisé permet de se recentrer sur son activité principale ;
2. Sécuriser votre conformité fiscale : les experts-comptables veillent au respect des obligations légales, évitent les erreurs de déclaration, les pénalités et garantissent la fiabilité de vos comptes en cas de contrôle fiscal ;
3. Piloter votre rentabilité : grâce à leur expertise, les experts-comptables analysent vos marges, vos charges et vos performances par produit ou canal de vente.

Combien coûte un expert-comptable pour un e-commerçant ?

Le tarif d’un expert-comptable pour un e-commerçant dépend du statut juridique, du volume de transactions, de la complexité de l’activité et de son expertise. Voici une estimation moyenne :

Indy : le logiciel pour une comptabilité en ligne simple, rapide et économique

Si vous souhaitez garder la main sur votre comptabilité et optimiser vos coûts, Indy est la solution idéale !

Avec Indy, vos transactions bancaires sont synchronisées et classées automatiquement dans les bonnes catégories comptables. La TVA est calculée sans erreur, vos déclarations fiscales sont simplifiées et vous suivez vos flux de trésorerie en temps réel grâce à des tableaux de bord intuitifs.

Mais ce n’est pas tout : Indy propose même un accompagnement à la création d’entreprise pour vous guider dès le lancement de votre activité.

Accessible dès 12 €/mois, Indy vous permet de gagner un temps précieux et de réduire jusqu’à 90 % vos frais de comptabilité.

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Les bonnes pratiques à adopter pour prendre en main sa comptabilité d’e-commerçant !

Numériser et centraliser vos documents

Scanner et regrouper vos factures et justificatifs réduit les risques de perte ou de détérioration. Cela facilite également l’accès et le partage des informations, rendant la gestion comptable plus simple et efficace, tout en vous permettant de vous concentrer sur le développement de votre activité.

Automatiser les tâches répétitives

Automatiser la saisie des ventes, la facturation et l’export des données comptables limite les erreurs, fait gagner du temps et simplifie le suivi quotidien de votre boutique en ligne.

Assurer un suivi précis des stocks

Garder une trace exacte de vos stocks est essentiel pour optimiser votre trésorerie, protéger vos marges et offrir un service client de qualité.

Se tenir informé des évolutions légales et fiscales

Enfin, rester à jour sur les règles fiscales permet de garantir la conformité de votre entreprise, d’anticiper vos obligations et de faciliter vos transactions. Cette vigilance protège votre activité et assure sa pérennité.

Consultez nos autres pages métiers :

• Comptabilité fleuriste ;
• Comptabilité prestation de service ;
• Comptabilité acheteur.

Besoin d’aide pour mettre en place la comptabilité de votre activité e-commerce ou un avis à nous transmettre ? Laissez-nous un message dans l’espace ci-dessous, l’équipe Indy se fera une joie de vous aider ! 🤗