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Facture électronique pour expert-comptable : obligations, calendrier et outils

En résumé

  • La réforme de la facturation électronique concerne tous les cabinets d’expertise comptable assujettis à la TVA, y compris ceux en franchise en base ;
  • Elle repose sur deux mécanismes : l’e-invoicing pour les transactions B2B en France et l’e-reporting pour les opérations hors périmètre ;
  • Le calendrier prévoit l’obligation de réception dès le 1er septembre 2026, l’obligation d’émission pour les grandes entreprises et ETI dès le 1er septembre 2026, et d’émission dès le 1er septembre 2027 pour les PME, TPE et micro-entreprises ;
  • Un logiciel conforme connecté à une Plateforme Agréée est indispensable pour respecter les nouvelles obligations.

La réforme de la facturation électronique entre en vigueur dès le 1er septembre 2026. En tant qu’expert-comptable, vous êtes à la fois directement concerné par ces nouvelles obligations (pour votre propre cabinet) et en première ligne pour accompagner vos clients dans leur mise en conformité. Dans cet article, nous vous expliquons ce que la réforme change concrètement pour vous.

Facture électronique pour expert-comptable : obligations, calendrier et outils

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L’expert-comptable est-il concerné par la réforme de la facturation électronique ?

Définition : qu’est-ce que la facturation électronique ?

La facturation électronique, ou e-invoicing, désigne un processus entièrement dématérialisé de traitement des factures, de leur émission à leur archivage. Une facture électronique ne se résume pas à un simple PDF envoyé par e-mail : elle doit comporter un socle de données structurées, dans un format lisible aussi bien par un humain que par un logiciel, et être transmise via un logiciel de facture électronique qui est aussi une Plateforme Agréée (ex-PDP).

La réforme de la facturation électronique rend ce mode de facturation obligatoire pour tous les professionnels assujettis à la TVA dans leurs échanges commerciaux B2B réalisés en France.

Le cabinet d’expertise comptable, un assujetti à la TVA comme les autres

Un cabinet d’expertise comptable facture des honoraires à des clients professionnels : il est donc assujetti à la TVA, et entre pleinement dans le champ de la réforme. Peu importe la taille du cabinet, sa forme juridique (entreprise individuelle au réel, société par action simplifiée (SAS), micro-entreprise…) ou son mode d’exercice libéral : l’obligation s’applique à tous.

Concrètement, cela signifie que le cabinet devra être en mesure de recevoir des factures électroniques de ses fournisseurs dès le 1er septembre 2026, voire de les émettre également suivant la taille de son entreprise : grande entreprise et entreprise de taille intermédiaire sont concernés. Le cas échéant, le cabinet a l’obligation d’émettre ses propres factures au format structuré à partir de septembre 2027.

Bon à savoir : certains cabinets, notamment ceux dont le chiffre d’affaires est inférieur aux seuils de franchise, ne collectent pas la TVA. Pour autant, ils restent assujettis à la TVA, ils en sont simplement exonérés de facturation. Ce statut d’assujetti suffit à les faire entrer dans le périmètre de la réforme.

Quelles sont les obligations concrètes du cabinet d’expertise comptable ?

L’e-invoicing

L’e-invoicing concerne toutes les transactions réalisées entre deux professionnels assujettis à la TVA et établis en France. Pour un cabinet d’expertise comptable, cela couvre l’ensemble des honoraires facturés à ses clients entreprises.

Chaque facture devra être émise via une Plateforme Agréée, qui se charge de la transmettre à la PA du client destinataire, tout en communiquant les données à l’administration fiscale (DGFiP). Le cabinet ne pourra plus se contenter d’envoyer une facture PDF par e-mail.

L’e-reporting

Certaines opérations ne relèvent pas de l’e-invoicing mais restent soumises à une obligation déclarative : c’est l’e-reporting. Sont concernées :

  • Les transactions avec des particuliers (B2C) ;
  • Les opérations avec des clients étrangers (livraisons intracommunautaires, exportations) ;
  • Les données de paiement, à transmettre à la DGFiP dans des délais précis.

Pour un cabinet dont la clientèle est exclusivement professionnelle et établie en France, l’e-reporting sera limité. Mais il convient de vérifier au cas par cas, notamment si le cabinet accompagne des clients à l’international ou dispose d’une activité mixte.

Les formats acceptés

La réforme impose que les factures soient émises dans des formats structurés ou mixtes reconnus par la DGFiP. Trois formats sont acceptés :

  • Factur-X : format hybride franco-allemand, combinant un PDF/A-3 lisible par l’humain et un fichier XML (basé sur CII) structuré lisible automatiquement par les logiciels ;
  • UBL (Universal Business Language) : format XML international, très utilisé dans les échanges européens ;
  • CII (Cross Industry Invoice) : autre format XML, issu des standards UN/CEFACT.

Votre Plateforme Agréée se charge de la conversion et de la transmission dans le bon format.

Quel est le calendrier de la réforme pour les cabinets comptables ?

À partir du 1er septembre 2026 toutes les entreprises assujetties à la TVA, quelle que soit leur taille, devront être en mesure de recevoir des factures électroniques. Cela implique, au minimum, d’avoir choisi et activé une PA avant cette date. C’est également la date à partir de laquelle les grandes entreprises (GE) et entreprises de taille intermédiaire (ETI) devront émettre leurs factures au format électronique. Votre cabinet peut être concerné s’il fait cette taille.

À partir du 1er septembre 2027, l’obligation d’émission s’étend à toutes les entreprises, y compris les TPE, micro-entreprises et cabinets de petite taille. C’est à cette date que le cabinet devra émettre l’intégralité de ses factures B2B au format électronique, via sa Plateforme Agréée.

ÉchéanceEntreprises concernéesObligation
1er septembre 2026Toutes les entreprises assujetties à la TVARéception de facture
1er septembre 2026Grandes entreprises et ETIÉmission de facture
1er septembre 2027TPE, PME (petite et moyenne entreprise) et micro-entrepriseÉmission de facture

Bon à savoir : il est préférable de ne pas attendre le dernier moment pour choisir votre PA, le processus d’intégration et de paramétrage peut prendre plusieurs semaines selon les solutions.

Comment la facturation électronique transforme le métier d’expert-comptable ?

L’automatisation des tâches de collecte et de saisie

Jusqu’ici, une part importante du temps des collaborateurs en cabinet était consacrée à :

  • La collecte des pièces comptables ;
  • La ressaisie manuelle des données ;
  • La vérification des factures numérisées par OCR.

Avec la généralisation des formats structurés (Factur-X, UBL, CII), les données sont directement intégrées dans le logiciel comptable, sans ressaisie ni intervention humaine.

Plus de temps pour le conseil et l’accompagnement stratégique

L’automatisation de la tenue comptable libère du temps que les experts-comptables peuvent réorienter vers des missions à plus forte valeur ajoutée : analyse financière, prévisionnel, optimisation fiscale, accompagnement à la création ou à la transmission d’entreprise.

La réforme accélère ainsi une évolution déjà à l’œuvre dans la profession : le passage d’un rôle de tenue comptable à un rôle de conseil et de partenaire stratégique des dirigeants.

De nouvelles missions à proposer aux clients TPE et indépendants

La grande majorité des TPE (très petite entreprise) et des indépendants ignore encore les détails de la réforme et les obligations qu’elle entraîne. L’expert-comptable est naturellement positionné comme le référent de confiance pour expliquer la réforme, aider au choix d’une Plateforme Agréée adaptée, et accompagner la mise en conformité. Certains cabinets vont plus loin en proposant d’émettre les factures pour le compte de leurs clients (sur mandat).

Le choix d’une Plateforme Agréée pour le cabinet et ses clients

Idéalement, la plateforme retenue doit être interopérable avec les logiciels comptables utilisés au sein du cabinet, capable de gérer les flux de facturation de clients aux profils variés (taille, secteur, régime de TVA), et proposer une interface simple pour les clients les moins à l’aise avec le numérique.

Quel logiciel pour gérer la facturation électronique en cabinet ou en tant qu’indépendant ?

Pour être conforme à la réforme, un logiciel de facturation doit impérativement :

  • Générer des factures dans un format structuré accepté (Factur-X, UBL ou CII) ;
  • Être connecté à une Plateforme Agréée certifiée par la DGFiP ;
  • Permettre la réception et l’archivage des factures entrantes ;
  • Assurer la transmission automatique des données à l’administration fiscale (e-reporting) ;
  • Proposer un suivi des statuts de chaque facture (émise, reçue, approuvée, payée).

Indy, plateforme agréée gratuite pour les indépendants

Indy est une Plateforme Agréée qui permet aux indépendants, auto-entrepreneurs et petites entreprises de gérer leur facturation électronique gratuitement. En quelques clics, vous pouvez émettre des factures conformes au format Factur-X, les transmettre via la PA et suivre leur statut en temps réel, sans avoir à maîtriser les aspects techniques de la réforme.

Pour les experts-comptables qui accompagnent des indépendants : Indy peut être la solution à recommander à vos clients TPE qui cherchent une solution simple, gratuite et conforme à la réforme.

Vous souhaitez en savoir plus sur la réforme de la facturation électronique selon votre domaine ?

N’hésitez pas à poser vos questions dans l’espace dédié sous cet article. Les équipes d’Indy se feront un plaisir de vous répondre !

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Questions fréquentes

Un expert-comptable en micro-entreprise est-il concerné par la facturation électronique ?

Oui, le statut de micro-entrepreneur n'exclut pas du champ de la réforme. Dès lors qu'un expert-comptable exerce en micro-entreprise et réalise des prestations pour des clients professionnels assujettis à la TVA en France, il est concerné.

Un expert-comptable peut-il émettre des factures électroniques pour le compte de ses clients ?

Oui, à condition que cette mission soit encadrée par une lettre de mission spécifique. Le cabinet peut, sur mandat de son client, émettre les factures via sa propre Plateforme Agréée en utilisant les références du client.

Quelle est la différence entre e-invoicing et e-reporting ?

L'e-invoicing concerne les factures échangées entre professionnels assujettis à la TVA établis en France. L'e-reporting couvre les transactions qui n'entrent pas dans ce périmètre (ventes à des particuliers, opérations avec des clients étrangers).

Quels formats de factures électroniques sont acceptés en France ?

Trois formats sont reconnus par la DGFiP : Factur-X (hybride PDF + XML, format privilégié en France), UBL et CII (formats XML purs, davantage utilisés dans les échanges européens).

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