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Signature électronique des factures : ce qu’il faut savoir en 2026

En résumé

  • La signature électronique est une solution pour authentifier vos factures ;
  • Le certificat électronique s’adresse aux personnes physiques quand le cachet électronique certifié concerne les personnes morales ;
  • Il existe différents niveaux de signature électronique : simple, avancée et qualifiée.

La signature électronique des factures permet d’authentifier les factures et de sécuriser les transactions. À l’heure de l’avènement du digital et de la mise en place de la facture électronique obligatoire pour simplifier le suivi de facturation, des questions se posent sur la signature électronique et la manière de procéder pour des relations commerciales sereines.

Signature électronique des factures : ce qu’il faut savoir en 2026

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Qu’est-ce que la signature électronique d’une facture ?

Définition et valeur juridique

La signature électronique d’une facture est un procédé visant à garantir son authenticité. Signature ou cachet, différentes méthodes sont admises pour certifier ce document.

Pour signer de manière électronique une facture, vous devez vous munir d’un certificat électronique qualifié délivré de manière obligatoire par un prestataire de services de certification électronique (PSCE) qualifié. De cette manière, vous répondez au niveau de sécurité du référentiel général de sécurité (RGS).

Cette signature électronique permet d’assainir les relations commerciales avec des documents attestés qui ne peuvent être modifiés après leur édition.

💡 Bon à savoir : il existe des solutions de signature électronique de factures gratuites, quand d’autres sont payantes. Avec Indy, vous bénéficiez d’une plateforme agréée totalement gratuite.

Signature électronique vs signature scannée : une différence fondamentale

Sur le plan juridique, la signature électronique et la signature manuscrite d’une facture n’ont pas la même valeur. Si l’objectif est d’authentifier et d’engager le signataire, la signature manuscrite présente des limites :

  • Elle peut être falsifiée ;
  • Elle peut se détériorer avec le temps ;
  • Elle est plus contraignante et mal adaptée aux évolutions digitales des relations commerciales.

La signature scannée est une évolution qui, pour autant, ne rend pas le document plus certifié. Il s’agit d’une simple image qui ne garantit pas l’intégrité de la facture ou de tout autre document signé (un contrat ou un devis par exemple). Là encore, la signature scannée peut être modifiée.

La signature électronique offre un cadre bien plus sécurisant. En effet, votre signature est associée à votre identité numérique. Il est plus complexe de la falsifier et de revenir dessus une fois apposée.

La signature électronique a une véritable valeur juridique selon les articles 1366 et 1367 du Code civil si elle respecte parfaitement les conditions de l’eIDAS (Electronic Identification, Authentication and Trust Services).

La signature électronique est-elle obligatoire sur une facture ?

Ce que dit la réglementation (eIDAS, BOFiP, décret 2023)

La signature électronique, non obligatoire, reste une solution de sécurisation majeure de vos documents commerciaux.

La réglementation eIDAS définit la signature électronique. Ce règlement européen régit les 3 niveaux de signatures électroniques :

  • La signature simple ;
  • La signature avancée ;
  • La signature qualifiée.

Par ailleurs, il impose des standards de sécurité et interdit le refus d’une signature électronique.

De son côté, le Bofip (bulletin officiel des finances publiques) fixe les règles d’application de la signature électronique des factures et des certificats.

Enfin, le décret n°2023-377 du 16 mai 2023 relatif aux factures transmises par voie électronique et sécurisées au moyen d’une signature ou d’un cachet électronique qualifié vient actualiser les dispositions de l’annexe III au Code général des impôts qui régit les modalités de sécurisation des factures électroniques.

Les 3 alternatives légales pour garantir l’authenticité d’une facture

Pour garantir l’authenticité d’une facture, différentes alternatives à la signature électronique existent :

  • La transmission par un EDI (échange de données informatisées) ;
  • La piste d’audit fiable (PAF) instaurée par la Directive européenne 2010/45/UE et imposant de fournir une documentation pour chaque facture ;
  • Le cachet électronique dédié aux personnes morales.

Quel impact de la réforme facturation électronique 2026 ?

Le projet de loi de finances de 2020 prévoit la généralisation de la facturation électronique. Initialement, cette réforme devait s’appliquer entre 2023 et 2025. Finalement le calendrier de déploiement de cette mesure a été revu.

  • Le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir des factures électroniques. Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent émettre toutes leurs factures par voie électronique ;
  • Le 1er septembre 2027, les petites et micro-entreprises seront, elles aussi, dans l’obligation d’émettre des factures par voie électronique.

Les factures transitent sur des plateformes agréées, ce qui va sécuriser leur traitement et les échanges entre les entreprises. Les factures doivent être standardisées. Cela concerne les factures classiques, les factures d’avoir et les factures d’acompte.

Cette nouvelle réforme vise à simplifier la gestion et les échanges de factures et vient en complément de la signature électronique permettant de garantir l’authenticité et l’intégrité du contenu de la facture. Le gouvernement souhaite limiter les fausses factures et la fraude.

Dès 2026 pour de nombreuses entreprises, il est donc obligatoire d’émettre des factures électroniques pour signer légalement une facture.

Les 3 niveaux de signature électronique (SES, AES, QES) 

Signature simple : quand suffit-elle ?

La signature électronique simple (SES), parfois appelée signature numérique, intervient dans différentes situations spécifiques. En effet, elle sera plus couramment utilisée en interne dans les entreprises pour valider un bon de commande, un contrat, une autorisation, etc.

Sa valeur juridique étant limitée, ce n’est pas la signature la plus préconisée pour des échanges commerciaux avec des clients ou des fournisseurs.

Signature avancée et qualifiée : pour quels cas ?

La signature avancée (AES) est une signature de niveau 2. Privilégiée à la SES par les entreprises, elle consiste à utiliser une clé privée pour identifier le signataire et garantit l’intégrité de la facture. La plateforme du prestataire de la signature électronique peut demander de télécharger une carte d’identité pour mieux authentifier le signataire.

La signature qualifiée (QES) est une signature de niveau 3. Elle va plus loin en utilisant un certificat de signature électronique qualifié qui répond aux exigences du règlement eIDAS. La vérification de l’identité du signataire peut se faire à distance via un service de vérification certifié ou de manière physique avec un agent qualifié.

Ces signatures sont beaucoup plus protectrices et sont utilisées pour la facture dématérialisée, un contrat de travail, un contrat avec un client, etc. Dans le cadre des marchés publics, la signature de niveau 3 au minimum est exigée conformément à l’arrêté du 22 mars 2019 relatif à la signature électronique des contrats de commande publique.

Comment signer électroniquement une facture ?

Signature par certificat électronique (personne physique)

La signature électronique par certificat engage les personnes physiques. Lorsque vous signez un document de manière électronique, un certificat vous est attribué. Ce certificat est une sorte de pièce d’identité numérique faisant foi et garantissant votre signature.

Cachet électronique qualifié (personne morale / volumes importants)

Le cachet électronique est un tampon numérique qui va plus loin et permet aux entreprises de signer des volumes plus importants. Ce sceau électronique est une version moderne et digitalisée du tampon d’entreprise. Le cachet électronique peut cette fois être utilisé par l’entrepreneur ou par un salarié de l’entreprise. Il permet donc d’attester de l’identité de l’entreprise et plus seulement d’une personne comme c’est le cas avec le certificat électronique.

Le cachet électronique permet d’automatiser la validation de différents documents en masse et ainsi d’offrir un gain de temps pour les entreprises.

Signer ses factures avec Indy

Indy est une Plateforme Agréée (PA), immatriculée par l’administration fiscale (DGFiP). La signature électronique sert à garantir deux choses sur une facture : l’authenticité de l’origine (l’émetteur est bien celui qu’il prétend être) et l’intégrité du contenu (la facture n’a pas été modifiée). Avec Indy ces garanties sont assurées automatiquement par la plateforme agréée, via la chaîne de transmission.

Bonne nouvelle : avec Indy, la facturation électronique est 100 % gratuite, sans limite de factures ni de données.

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par Fabienne Cornillon

Rédactrice spécialisée en comptabilité, Fabienne aide les entrepreneurs à comprendre facilement les concepts et nouveautés de la gestion d'entreprise grâce à des contenus précis et accessibles.

Questions fréquentes

Comment signer une facture électroniquement ?

Pour signer une facture de manière électronique, vous pouvez utiliser un certificat électronique ou un cachet électronique qualifié selon votre statut (personne physique ou personne morale).

Quels sont les avantages de la signature électronique ?

La signature électronique permet d'authentifier une facture et ainsi de sécuriser les transactions.

Comment garantir la sécurité des factures électroniques ?

En se conformant aux nouvelles règles en matière de facture électronique à compter de 2026 avec des données structurées et une vérification d'identité.

Quels sont les niveaux de signature électronique ?

Les niveaux de signature électronique sont les suivants : signature simple, avancée ou qualifiée.

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